Il Museo di Storia Naturale fu costituito nel 1771 per merito di Lazzaro Spallanzani (1729-1799), titolare della cattedra omonima neoistituita. Le raccolte didattiche si svilupparono in rapida successione attorno a un primo nucleo, costituito in prevalenza di minerali, dono dell’Imperatrice Maria Teresa d’Austria. La sede del Museo fu per 150 anni nel prestigioso Palazzo Centrale dell’Università. Raccolte personali, oltre ad acquisti, scambi e donazioni di materiali di grande valore scientifico, contribuirono a mantenere alta la fama del Museo in ambito europeo. Dopo la morte di Spallanzani, avvenuta nel 1799, i successori contribuirono a un notevole sviluppo dell’istituzione e all’incremento delle collezioni. Di particolare rilievo fu senz’altro l’impegno scientifico e museologico degli zoologi Giuseppe Balsamo Crivelli e Pietro Pavesi, di Leopoldo Maggi, dedito soprattutto all’anatomia comparata, e di Torquato Taramelli, studioso di geologia.
Nel 1875 la suddivisione della cattedra di storia naturale nei suoi insegnamenti ebbe come diretta conseguenza la suddivisione del Museo, le cui sezioni divennero altrettanti musei abbinati agli istituti omonimi. Intorno al 1960 le collezioni furono trasferite negli ampi spazi del Castello Visconteo allo scopo di allestire in quella sede un museo aperto al pubblico, ma mai realizzato. All’inesorabile degrado dei reperti l’Università pose fine con l’istituzione del Centro Musei che, nel 1995, diede inizio ai restauri dei materiali e alla loro proposizione in mostre tematiche temporanee. In attesa della sede definitiva per l’allestimento degli oltre 500.000 reperti, sono attualmente fruibili le collezioni zoologiche di vertebrati, comprensive di alcuni degli esemplari di epoca spallanzaniana che ancora si conservano: un tursiope del 1781, un ippopotamo del 1783, un coccodrillo donato nel 1782, uno squalo acquistato nel 1790, un giovane orangutan arrivato nel 1786 e una mandibola di balena di Groenlandia, giunta da Vienna nel 1793.
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